Nació el 27 de noviembre de 1952 en la ciudad de Dipolog, de una familia sencilla de agricultores, creció en Labason y después en la ciudad de Cebú, donde trabajó como sastre hasta que ingresó en el Colegio del Seminario de San Carlos. Se sintió atraído por la vida religiosa, pero el Obispo de Basilan le ofreció apoyar sus estudios si se hacía sacerdote para la Diócesis de Basilan.

El 28 de abril de 1981, el Padre Nilo fue ordenado sacerdote en la ciudad de Dipolog por el obispo José Ma. Querexeta, CFM de Basilan. Durante nueve años fue párroco y animador de jóvenes en la isla de Basilan.

Una y otra vez expresó a su Obispo la intención de ser religioso, pero su servicio era tan precioso en medio de esta isla al sur de Zamboanga. En 1990 el Padre Nilo obtuvo el permiso del obispo para vivir una vida contemplativa. De noviembre de 1990 a enero de 1993, vivió en el Monasterio de la Transfiguración en Malaybalay, Bukidnon, con monjes benedictinos.

De 1993 a 1999, vivió una vida semicontemplativa en Balas, Labason, y trabajó en su tierra y predicó entre las parroquias de la diócesis de Dipolog con sencillez franciscana. Conoció a la Hna. Caritas que le ayudó a encontrar profundamente la vida según la humildad y la pobreza en el espíritu de San Francisco de Asís.

En 1999, conoció a los frailes de la Tercera Orden Regular en Iligan City y pidió unirse a ellos. El Ministro General, Fr. Bonaventure Midili, TOR, le propuso a él (y a sus dos hermanos que vivían con él como ermitaños en Labason) unirse a la TOR y, después de un breve tiempo, Fr. Nilo y Fr. Alvin llegaron a Iligan para unirse a Fr. Carlo Stradioli, TOR, Fr. Dante Anhao, TOR, y Fr. Marcello Fadda, TOR de la Provincia de San Francisco de Asís, Italia.

Fue a Italia para un período de noviciado en Massa Martana y el 16 de septiembre de 2001 profesó los votos simples y en octubre volvió a Iligan. De 2004 a 2008 fue asignado como párroco de la Parroquia de San Lorenzo, Tambo, Iligan City.

En 2009, fue asignado a explorar las posibilidades de encontrar un terreno y una casa en la ciudad de Davao para los frailes estudiantes de Teología y en 2010 fue el ministro local de la nueva comunidad TOR en Brgy. Indangan, Davao City.

Fue trasladado de nuevo al convento de Iligan en 2011. Se convirtió en el animador espiritual de los franciscanos seglares por lo que fue elegido como Asistente Espiritual Regional y al mismo tiempo asistente espiritual de la comunidad OFS en Iligan. Se convirtió en el administrador de la Parroquia de San Pedro Calungsod en 2015 y luego sirvió como párroco hasta 2018. Debido a su enfermedad, fue reasignado como ministro local del convento de la TOR en Iligan de 2018 a 2020.

El 10 de octubre de 2021 alrededor de las 4:40 am el Padre Nilo abrazó felizmente a la hermana muerte. El 16 de octubre de 2021, Monseñor Edwin Dela Pena, DD, Obispo de la Prelatura de Marawi, celebró el funeral de Fr. Nilo C. Laput, TOR, en nuestro convento de Iligan.